90年代中期，以工频变化量为核心技术的 LFP 系列电力系统继电保护控制产品研制成功，理论和实践上奠定了南瑞继保产品在中国继电保护和控制领域的领先水平。南瑞继保的产品进入规模化生产，公司逐渐成为国内电力自动化行业领先企业。

   1999年12月27日，公司董事长 沈国荣 先生当选为中国工程院院士。

   2000年，RCS 系列电力系统继电保护控制产品研制成功，标志着南瑞继保的产品进入更完善、更成熟、更先进的阶段，步入国际先进水平，为公司继续保持国内电力自动化行业的龙头地位提供了坚强保证。

   2002年，南瑞继保开发了具有自主知识产权、国际水平的直流控制保护系统，并成功应用于葛洲坝 －南桥 ± 500kV 南直流控制保护系统和三峡 －上海 ± 500kV 直流输电控制保护系统。

   2004年5月，胡锦涛总书记亲临视察南瑞继保，殷切期望南瑞继保抓住电力快速发展的大好机遇，加快自主知识产权的技术创新、产品开发及产业化工作，要求南瑞继保运用在电力系统控继电保护制系统上的自主核心技术优势，更多地占领国际市场。

   2006年5月，南京南瑞继保电气有限公司被中宣部确定为全国自主创新的八大典型之一。

   2006年6月，南瑞继保响应胡总书记号召，成立了国际营销部，拉开了开拓国际市场的序幕。南瑞继保的国际化进程正在快速有序地推进。

   2007年初，南瑞继保成功地研制 UAPC 平台的 PCS 系列电力系统继电保护控制产品，为数字化变电站的发展提供了强有力的技术支撑，全面提升了南瑞继保产品的软硬件平台和国际化水平。

   2007年3月，由南瑞继保控股的常州博瑞电力自动化设备有限公司在常州产业园正式建成投产，成为南瑞继保工艺和结构研究、配套机箱等产品生产的重要基地。

   2007年10月，南瑞继保位于江宁区九龙湖的科技园区正式投入使用，标志着南瑞继保的发展步入了一个新的里程。